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甲申之变、明清易代，宣告了明王朝的土崩瓦解。对这样一个大变革的时代，后人就其原因不断地进行着思考。国家军事体系的良好构筑和运行，成了巩固皇朝统治秩序的基础。
关于明朝灭亡的原因，历代学者多有探索，今天我们就浅谈一下政治制度的影响。
有学者认为，明代之所以党争不断，最终走向灭亡，与建国之初朱元璋废丞相权分六部有直接关系。面对庞大而纷繁复杂的国家内政，皇帝的个人精力是极其有限的，为了有效维护国家机器的运转而不违背组训，朱元璋的子孙只能被迫设立有权无名的内阁。
正因为名分与权力之间尴尬的矛盾，导致了有明一代内阁与六部水火不容的局面。而阁部矛盾的直接后果，就是引起党争。到了明朝后期，皇帝为了限制权力日益膨胀的内阁，只能宠信宦官以限之，“朝廷政令不由朝臣，皆出司礼监”，使本来就矛盾重重的明朝内政变得更加混乱不堪。
皇权的集中与决策中枢处理效率之间的矛盾，自朱元璋废丞相之后显得愈发严峻；而不可更改的祖制，将国家的运行体制限制在一个稳定和封闭的版块之内，最终将皇权和相权的矛盾，转化成为内部党派的矛盾。这种稳定和封闭的体制，对明王朝政府中不可调和的党争怪圈影响十分深远。
明代著名的思想家黄宗羲曾经说过，“有明之无善治，自高皇帝罢丞相始……古者不传子而传贤，其视天子之位，去留犹夫宰相也，其后天子传子，宰相不传子。天子之子不皆贤，尚赖宰相传贤足相补救……宰相既罢，天子之子一不贤，更无与为贤者矣”。
这也解释了明朝灭亡与明初政治体制封闭僵化之间的必然联系。这种观点是太祖废丞相，随之产生内阁，导致了统治阶层内部权力的不平衡，从根源上引起了阁部之争和文宦相残，给明王朝带来了巨大的灾难。
而有的学者持不同看法，他们认为明朝内部党争的根源在于皇权与阁权的矛盾。
在皇权高度集中的情况下，若是皇帝经常怠政，权力则自然会流向日益羽翼丰满的内阁，而皇帝为了限制内阁的权利，只能利用其它势力加以钳制，这就加快了明朝政治的腐朽与混乱，使国家日益走向衰败。
宦官专权，是中国古代王朝最为严重的弊政之一。明王朝将阉人干政和宦官专权发展到了中国历史的顶峰。一直以来，学者们热衷于以宦官专政为切入点，讨论其对国家灭亡的影响。
具体官制运行衍生的消极影响与政府运转过程中的执行力，也是讨论影响明朝灭亡原因必不可少的关注点。明代科举制衍生发展出了难以规避的座主、门生的隶属关系。门生得恩于座主，二者以施恩与报恩为纽带，结成了深刻的利益共同体，并且得到了明朝政府的默认，直至明末。
座主、门生群体对国家的影响，以弘治朝为分界点，在这之前，这组裙带关系大体以一个良好的态势发展，不仅对其个人，也对国家的进步起到了一定的积极作用；但在正德朝以后，其弊端日显，尤其以万历朝严重，促使明朝政府权力腐败，结党营私，成为明末党争不断的罪魁祸首之一。
还有的学者认为明朝司法遭到践踏，政府执行力欠缺。由于官员、军人的以公谋私，玩忽职守，导致了大量以“淹禁”为策略谋取私利的行为。
当然，政策在执行的过程中，不仅受到人为因素的影响，也会受到古代法律、技术等因素的制约，再加上人为因素的破坏，“淹禁”给明朝司法带来很大程度的破坏，也直接影响了国家的人心背向。
例如明朝历史上最大规模的一次赈灾活动——崇祯四年吴牲赈陕，皇帝与官员、官员与官员、中央与地方、地方与地方、在组织赈灾过程中相互推脱、各自为利的典型丑恶行为，这也预示着明朝政府在崇祯年间的组织动员能力与政府执行力降到了最低，根本无力应对突如其来的灾难，再加之旷日持久的战争，明朝走向灭亡具有很大的必然性。
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