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在清学大师的队伍里，余萧客这个名字经常在各种学案和小传里被提及，但完整详实的记载并不多。他给人留下的印象是水平很高，但“神龙见首不见尾”，属于民间学术大师的典型。《清史稿》里对他的记载只有寥寥百余字。只能从江藩的《国朝汉学师承记》等仅存的描述中，大体勾勒出余萧客的生平和学术贡献。
余萧客，字仲林，别字古农，江苏吴县人。他五岁的时候，父亲出游不归。母亲白天在家教他四书五经进行启蒙。晚上则讲授 《昭明文选》及唐宋人诗词古文。
等到余萧客长到十五岁的时候，他已经通览群经，“即知理气空言，无补经术”。想读汉唐人对典籍的注疏，“家贫不能具，借之于书棚徐姓，匝月毕《左传疏》，徐大惊日：“子奇人也！”赠以注疏全本暨《十七史》、《说文解字》、《玉篇》、《广韵》。于是闭户肄经史，益务博览。”
随着知识需求的增大，他“每闻有异书，必假抄录。”同乡有个叫朱奂的，藏书极多，请他去教授家中子弟，学馆名为滋兰堂。因此机缘，余萧客读了大量典籍。他阅《道藏》于玄妙观，阅《释藏》于南禅寺。日以继夜的勤奋苦读，导致他视力受损，几乎瞎掉。尽管经过调治，但只能看大字本的书了。 他自建一室，无窗户，顶上开一孔，以通天光，书册鳞次，潜心研究。
除了教学著作，余萧客的其他事迹不多见。只有一次是直隶总督请他到保定，修《畿辅水利志》（又称《直隶河渠书》）。期间他在京师，与当时的一代儒宗朱珪、纪昀等人相往来，得到很高的评价和赞誉。当时的名流都认为他的水平在王应麟、顾炎武之间。后来由于目疾复作，“举戴东原自代，遂南归，以经术教授乡里，闭目口授，生徒极盛。”
在学术贡献方面，他最早作《尔雅旧注疏》未成，先写了《注雅别抄》八卷，专攻陆佃、罗愿，去向当时的大学者惠栋请教。惠栋说：“陆氏乃安石新学，罗亦非有宋大儒，均不必辨。子读书撰著，当务其大者远者。”余萧客豁然开朗，就拜惠栋为师，更加努力钻研。他“念唐以前经说颇多缺遗，欲求补之，乃繙览训典，旁逮唐宋诸类书，有可采摘，即付之楮翰，岁月积久，篇帙略备；乃依经文诠次，其间多寡，亦微有准绳；辞采丰蔚，则掇其菁英；一二仅存，则随条备录，兼注所引书名卷第，以示不由臆撰。”
余萧客成就最大的部分在选学方面，著有《文选纪闻》三十卷。《文选纪闻》涉猎赅广，在经学、史学、文学诸领域均有建树，在小学，尤其是训诂学领域的建树也同样令人瞩目。其主要贡献表现在：详诂训，辨疑误；明音义，察音变；审异同，补阙失。《文选纪闻》体现了余萧客在小学领域的宏通识见，意义重大。
另外， 余萧客的《古经解钩沉》一书在保存十三经之汉唐旧注方面其功甚伟。该书收录唐以前诸家经解、史传、类书，对片语单词，悉加著录。但余萧客于古注仅作辑录，未做刊订，故所辑之注亦有释义不当之处。余萧客还著有《杂题》三十卷，《音义》八卷。
余萧客也是位诗人，著有《选音楼诗拾》若干卷。意在“哀音微茫，得骚人之遗意焉。”诗集流传不广，其中有首题为《怀任文田》的诗，写得很有情调，“ 系艇东溪畔，花迟春未残。所思今不见，雪霁月生寒。”
他于四十七岁时就去世了。
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