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有时也听到某些不明真相的人说，比起阴阳学说来，中医的五行学说更无科学性，它是机械的、唯心的、形而上学的。有人甚至把它与战国时邹衍、西汉时董仲舒所提倡的用来解释社会上朝代兴亡的五行学说混为一谈，而予以全盘否定。
长期的实践证明，中医的五行学说和阴阳学说一样，其主流思想属于唯物的自然观和朴素的辩证法，它与纯属唯心主义并用五行生克来解释社会上改朝换代原因的邹衍、董仲舒之流所提倡的五行学说是同名而异质的。
正如中医的阴阳与算命的阴阳是名同实异一样，董仲舒的“五行循环论”与中医的五行学说也是两码事。中医的五行学说不是解释社会兴亡现象的哲理，而是阐述人体生理和病理现象的医学说理工具，是朴素的唯物论。故二者不可混淆。
中医的五行学说，是我国古代劳动人民在长期对生活的生产资料有所认识的基础上并依据当时所掌握的科学知识，将宇宙间的事物概括为木、火、土、金、水五类物质属性，并借用这五者之间相互资生、相互制约的关系来说明事物的错综复杂的变化和联系。
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