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春秋周灵王泄心年间（公元前５７１—前５４７年），鲁国障邑大夫叔梁渴望生个聪明儿子，以期光耀门庭，承袭父业。怎奈前妻施氏连生九女，虽妾生有一男，却是子。心焦之下，叔梁纥于６０岁时续娶了年轻貌美的颜征在，并多次陪她到鲁国地（今曲阜县城东南２５公里）的尼山上望空焚香，铸告山神早降贵子。
黑龙（即黑帝）为之所动，遂有意玉成其美，周灵王二十一年（前５５１年），颜氏身怀有孕，不久夜梦两条苍龙自天而降，两仙女轻纱裹体，巧梳云鬓，随之徐徐飘来。颜氏披衣下地，香露沐身，恭候神灵。
这时天乐奏响，紫气氤，五位天宫乐师各执乐器立于云端，笙管笛箫，吹拉弹唱，声声入耳，翌日，颜氏在尼山敬神时临盆得喜，生孔子于尼山夫子洞中。现孔庙圣迹殿内有“尼山致祷”、“钩天降圣”二图正是描绘此事。
孔子３岁丧父，家道从此中落。他天资聪慧，苦读窗数十载，终于功成名就，满腹经纶孔子５４岁辞官周游列国，宣传自己的政治主张，被视为圣人。
孔庙圣迹殿中的“商羊知雨”图，讲述了关于孔子圣贤的故事。相传齐国有一种神鸟，形似仙鹤，羽毛斑斓。它虽然只生一只脚，可跳起舞来有如花开花落，煞是动人。此鸟古称商羊。一天，有。
一只商羊落在齐国京城的宫殿上，轻舒长翅，载歌载舞，齐景公甚觉奇怪，便派使臣去请教孔子，孔子说：“此鸟叫商羊，是主水的征兆。现商羊飞入宫殿，是想提醒人们天要降暴雨，须防水患。”
齐景公听信，告谕臣民火速修渠挖道，加固堤坝，数日后果然大雨瓢泼，洪水横流泛滥成灾。各诸侯国深受其害，唯有齐国未雨绸缪，安然无恙，齐景公感慨地说：“圣人之言可信，确实灵验啊。”
据《论语·子张》载，鲁国大夫叔孙武叔曾在宫廷里对朝臣们说，子贡要比孔子贤能。子贡闻知此言，面有愧色道：“学识好比宫墙，我的宫墙只与肩持平，外人很容易洞察墙后的一切而吾师孔子的宫墙却高有数仞，如果找不到进出的门，就不会看到里面宗庙的富丽，屋舍的堂皇。”
后人认为“夫子之墙数”很难表达他们对孔子的崇敬之情，便以“万仞”相称，明代巡抚胡宗于高十七年（１５３８年）题写了“万初宫墙”石额，镶在孔庙南部的仰圣门上清乾隆帝１７４８年驾临曲阜孔，为显心诚，又取下胡碑重题四字，并在门外立一刻有《万宫墙赞》的碑碣，后遗失，现孔庙南门的“万仞宫墙”朱红大字，乃是乾隆所题。
子贡将孔子的学问比作高墙，孔子的得意门生颜回则在此基础上喻之更甚。颜回说：“仰之弥高，钻之弥坚、暗之在前，忽焉在后。他把孔子的学问形容到登峰造极，无以复加的地步，观者须仰视才见。后人以此典故为名，在孔庙第二进院落西侧修了一门，谓之“仰高门”。
孔子一生坎坷，先后任过“委吏”（司会计）、“乘田”（管牧）中都宰、司空（主管建设）、司寇（主管刑法）等职：中年以后开始兴办私学，广聚门徒：６８岁时重返鲁国，主要从事教育、讲学、删诗书、定礼乐、修《春秋》等事业。
《春秋》、《孝经》问世后的一天夜晚孔子斋戒净身，头簪经笔，着赤色单衣，率７２弟子望北星礼拜曾子手捧《河图》、《洛书》侍于孔子后，孔子神情凝重地向北辰诉道：“《孝经》四卷、《春秋》、《河图》、《洛书》共８１卷，已尽心完成，请天纳阅。”
须臾白雾迷漫，云气冲天，赤虹当空而落，化为三尺黄玉上刻：“宝文出，刘季握，卵金刀，在轸北，字禾子，天下服。”暗指刘邦将在轸宿分野北起事，扫灭群雄，一统华夏，孔子跪面受读，获知天命孔庙圣迹殿的“跪受赤虹”图，生动地再现了当时的场景。图中的孔子表情谦恭，长跪在地，企望苍天。
圣迹殿内另有一幅悲壮感人的“西狩获麟”图：孔子站在死去的眼前，痛心疾首、泪洒衣襟，似有无尽的话语未曾倾诉这里又有一段故事。
鲁哀公十四年春，鲁国国君在大野狩猎获麟，见其怪异，打死后车载面归，当时无人识得此物，以为不样之兆，便把颜丢在五父衢上，有人跑去告诉孔子，孔子问：“此物何形？”来者答：“头上生角，角上有肉。”
孔子赶忙前去观看，见一僵卧血泊，顿时哭不已，哀声说：“麟呀麟，你本是祥瑞的征兆啊！如今被人打死，大祸就要临头了，我的道也快完了啊。”孔子当即作一首歌：“唐虞之世箭风游，今非其时来何由？麟兮！兮！我心忧。”
孔子终生奔波，一直未受重用，晚年心情极为郁闷，一日清早，他挂杖在门前散步，对子贡叹气说：“唉！人老了，梦也多。昨晚我在梦中坐奠于两之间，夏后氏殡在东阶的台阶上，周人殡在西阶的宾客位上，殷人殡在两楹之间。
我本是殷人后裔，梦到与先祖同坐，看来死之不远矣！”当天孔子就病卧床榻，七日后然长逝，享年７３岁，圣迹殿有“梦奠两楹”图：孔子手拐杖倚立门旁，眼神茫然，面露疲惫，一副残烛将灭的颓丧神态；子贡站在门阶下，默然面立，表情肃穆。
孔子殁后次年（公元前４７８年），鲁哀公下命以孔子的三间故宅作庙，祭祀孔子，这就是孔庙的最早锥形明清时期，孔庙仿皇宫样式几经扩建，才形成现有的规模。
公元前２１３年，秦始皇焚书坑儒期间，孔子的九世孙孔鲋不忍古籍被毁，便在孔子故宅垒了座夹壁墙，将许多经典史料隐匿其中，自己连夜逃奔他乡。
西汉景帝三年（公元前１５４年），刘启之子刘余被封为鲁恭王，他把孔子住宅扩建成王宫时，忽听半空有金石丝竹之声，随后从夹壁墙中掘出《论语》、《尚书》、《礼记》等著作后人感念孔鲋的功绩，在诗礼堂后故宅井旁修了座“鲁璧”，又在孔庙西路修建金丝堂，与故宅诗礼堂相对，为孔庙平添了一景。
孔庙建成后，相传在庙内柏树上常栖息有成千上万只乌鸦。它们傍晚铺天盖地而来，清晨编阵列队而去，呱呱鼓噪，气氛强烈，因孔子生前曾为乌鸦正过名，说它们是孝鸟，讲仁义、懂道德。
所以乌鸦们视孔子为知已，自发组成了三千乌鸦兵护卫他，传说本世纪三十年代战火频起，曲阜城内流弹横飞，孔庙的奎文阁、鼓楼同样落下许多炮弹，因有三千乌鸦兵的后裔们守护在此，炮弹竟未炸，保住了孔庙建筑群。这就是关于孔庙的传说。
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