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《五帝本纪》采三皇五帝传说，条理出的少典氏帝系，被看成是成系统的中国古史传说的蓝本， 其中对黄帝和舜相关神话材料的处理，涉及司马迁对神话与历史关系的三种形态中神话的历史化和神话化的历史问题的认识。司马迁把黄帝作为中华民族的共祖放在中华文明初启的第一章，对黄帝神话材料的采录特别谨慎，并有严格选择 ；对舜的材料采录特别渲染了舜象斗争的故事，其中有史家对历史本质真实的深刻把握。因此，正确解读《五帝本纪》，对深入研究司马迁的神话观和历史观有着重要的意义。本文拟从《五帝本纪》对黄帝与舜神话材料的处理，探讨其深层次的历史内涵。
按照古代传统认识，中国的历史肇始于三皇五帝。《周礼·春官》称外史“掌三皇五帝之书”； 孔安国《尚书序》云：“伏羲、神农、黄帝之书，谓之‘三坟’，言大道也；少昊、颛顼、高辛、唐、虞之书，谓之‘五典’，言常道也。”这一“三皇五帝”系统被后人普遍认同，皇甫谧《帝王世纪》即从此说。
除《书序》五帝系统外，先秦之世，成系统而又有影响的“五帝说”尚有二宗：其一，《吕氏春秋》传说的明堂五帝系统，将大皞 、炎帝、黄帝、少皞 、颛顼配祀于明堂太室，以成明堂月令，集为十二月纪。这一说法大概源于《左传》昭公十七年郯子之说 ：“昔者黄帝氏以云纪，故为云师而云名 ；炎帝氏以火纪，故为火师而火名 ；共工氏以水纪，故为水师而水名 ；大皞氏以龙纪，故为龙师而龙名 ；我高祖少皞挚之立也，凤鸟适至，故纪于鸟，为鸟师而鸟名”，“自颛顼以来，不能纪远，乃纪于近，为民师而命以民事。”《吕氏春秋》剔除共工氏而代之颛顼，以成明堂五帝系统，而十二月纪又被集为《月令》载入《礼记》。《礼记·月令》卷首曰 ：“吕不韦集诸儒士著为十二月纪，合十余万言，名曰《吕氏春秋》，篇首皆有月令。”《礼记》的经学地位，使这一五帝系统在战国后有相当势力。《孔子家语·五帝》记孔子答季康子问以伏羲配木，神农配火， 黄帝配土，少昊配金，颛顼配火，即受这一系统的影响 ；其二，先秦另一成系统的“五帝说”即：
《大戴礼》传述的黄帝、颛顼、帝喾、尧、舜的系统。《大戴礼·帝系篇》出于古代史官所记世奠系， 与传世的《世本》残卷同源。而《五帝本纪》的蓝本《五帝德》的成书年代，丁山先生说至晚不能晚于战国末年 ：“尧、舜之人格化，自孔子发其端 ；黄帝、颛顼、帝喾之人格化，至荀子集其成。”“以儒家的德行为标准，以虞、夏、商、周民族宗神为根据，将往古的天神一律奉为古先圣王，而组成人类历史的系统，说盖始于荀卿之徒。”他认为《宰予问五帝德》一文涵盖有虞、夏、商、周的历史背景，更充满了儒家传统的仁义道德的思想背景，与明堂五帝非出一源。崔述《补上古考信录前论》说《五帝德》称述的“五帝”本于《国语》展禽曰 ：“黄帝能成命百物以明民共财，颛顼能修之。帝喾能序三辰以固民，尧能单均刑法以仪民，舜勤民事而野死。”这大概是战国五帝圣王观成型后的反映，也是儒家设想的中国历史的第一章。
三皇五帝系统到了秦汉又有变化。秦博士倡言天、地、人三皇说以独尊秦皇 ；据《史记·封禅书》，汉又有五帝之说 ：“汉王入关，问，故秦时上帝祠何帝也？对曰，四帝，有白、青、黄、赤帝之祠。高祖曰，吾闻天有五帝，何也？莫知其说。于是高祖曰，吾知之矣，乃待我而具五也。乃立黑帝祠，命曰北畴。有司进祠，上不亲往。悉召故秦祝官，复置太祝太宰，如其故仪礼”。以上两说，皆有强烈的现实功利色彩，故不纳入本文所讨论的三皇五帝神话系统。西汉以降，《周易》被推尊至经书之首，《十翼》被认为是孔子的著作。此后，《系辞传》所述的伏羲、神农、黄帝、尧、舜的系统，在儒者中形成一股压倒趋势。
先秦至秦汉，“三皇”与“五帝”诸系统的形成，反映出战国以来人们对远古历史的关注和探寻。而司马迁著《五帝本纪》弃诸说而独取《大戴礼》加以改造，原因何在，很值得探讨。
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