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第二阶段：英雄的暗面。
《钢铁侠3》
纽约大战后，托尼·斯塔克陷入前所未有的焦虑症中。他疯狂投入钢铁侠战甲升级版的研发，并为此废寝忘食。
曾受托尼·斯塔克冷落的科学家阿尔德里奇·基里安树立了一个傀儡恐怖分子——满大人，并以他为幌子向钢铁侠展开报复。
基里安研发出一种叫做“绝境病毒”的生化药品，可以使人残缺的身体重获新生，也可大幅提升人体机能。
最终，钢铁侠拼尽所有战甲，方才战胜对手。
炸掉的战甲也让托尼找回了他作为“英雄”的初心。
《雷神2：黑暗世界》
纽约大战后，雷神托尔将弟弟洛基带回仙宫囚禁起来，并帮助九大国度平定纷争，其威名扶摇直上。
奥丁希望他能早日继承王位。
不过托尔的心已然属于地球以及心爱的女孩简·福斯特。
此时地球出现异样，简·福斯特的研究让她无意间唤醒了以太粒子（现实宝石）。
由此引来了阿斯加德远古时期的敌人——黑暗精灵马勒基斯。
马勒基斯与以太粒子一同苏醒，他计划在“天体汇聚”的时刻再次到来之际，用现实宝石的力量摧毁九大国度，缔造一个全然黑暗的宇宙。
为了替死去的母亲报仇，洛基这次选择与托尔并肩而战，不过在战斗的途中他又假死了。
最终，托尔在简·福斯特等一干凡人的帮助下战胜了黑暗精灵，回到阿斯加德复命的他获得了奥丁的许可，可以重返他心爱的地球。
但是这个奥丁实际上是洛基假扮的，支走雷神、放逐奥丁的他，再次坐上了魂牵梦绕的王位。
以太粒子（现实宝石）则被交给宇宙长老之一的收藏家保管。
《美国队长2：冬日战士》
纽约大战后，美国队长全身心投入到神盾局的工作中。尼克·弗瑞是他的上司，黑寡妇是他的新搭档。
似乎只有这样才能弥补他那遗失的七十年时光，然而由他曾经的爱人佩吉·卡特一手建立的神盾局此时早已被九头蛇渗透。
随着尼克·弗瑞遭到刺杀，九头蛇借助神盾局清洗全世界的计划浮出水面。
而更让美国队长无法承受的是，九头蛇派出的强力杀手——冬日战士居然是他曾经的挚友——巴基·巴恩斯。
危机时刻，退伍军人“猎鹰”也加入队长的小队，他们拼尽全力，终于瓦解了阴谋，神盾局也与九头蛇一并被毁灭。
最后，尼克·弗瑞假死潜入地下，继续深挖九头蛇的残党。
被九头蛇洗脑成为杀人机器的冬日战士似乎也找回了自己的心智。
《银河护卫队》
MCU正式开启宇宙线，故事围绕宇宙灵球（力量宝石）展开。
地球人彼得·奎尔年幼时被一群外星人劫走，长大后的他成了劫掠者（宇宙海盗组织）一员，自称“星爵”。
得到小道消息的他在一颗已经毁灭的行星上找到了宇宙灵球。
与此同时，灭霸现出正身，要求克里星人指控者罗南为自己夺回灵球，回报是帮助罗南征服山达尔星。
灭霸、罗南和灭霸养女星云。
星爵也组织了自己的团队：灭霸的另一个养女卡摩拉，大块头德拉克斯，被改造的小动物火箭浣熊，人形植物格鲁特。
经过“愉快”的争论后，他们决定要阻止灭霸以及罗南的阴谋，为了山达尔星而战。
在劫掠者小头目也是星爵养父勇度的帮助下，他们最终战胜了罗南。
能长时间承受力量宝石的星爵，被认为有着不同寻常的血统，并非只是地球人。
最后宇宙灵球（力量宝石）被妥善保管在了山达尔星。
《复仇者联盟2：奥创纪元》
虽然托尼·斯塔克炸掉了自己多余的装甲，但是他并未停止焦虑。他的新规划是由高级人工智能控制的机器人军团——奥创计划。
打击掉九头蛇的残余势力后，复仇者们夺回了本保管于神盾局的权杖（心灵宝石），得到心灵宝石的钢铁侠终于可以借助心灵宝石之力完成奥创的设计。
没想到初生的奥创已有了自己的想法——只有消灭复仇者联盟才能维护世界的和平。
摧毁了复仇者大厦所有电子设备后奥创轻易逃脱，他招揽来之前九头蛇基地改造成强化人的双胞胎兄妹——快银和绯红女巫，一起对抗复仇者。
奥创来到索科维亚建立了自己的基地，进一步的他偷来震金打算为自己制造一个无敌的躯体。
好在复仇者抢先一步抢走了这个躯体，在心灵宝石的作用下，托尼·斯塔克和布鲁斯·班纳为这个躯体上传了电脑管家贾维斯的数据，“幻视”就此诞生。
得知奥创的计划是毁灭全人类后，快银与绯红女巫也加入了复仇者阵营，为人类而战。
最终的战役在索科维亚打响，在幻视和双胞胎兄妹的帮助下，复仇者艰难的取得了胜利。
快银战死，绯红女巫加入伙，钢铁侠隐退，布鲁斯·班纳变身浩克后失踪，雷神离开地球追寻无限宝石的线索。
队长和黑寡妇组织起新人继续复仇者的使命。
《蚁人》
上世纪八十年代的时候，神盾局科学家汉克·皮姆发明了一种可以使物体变大或变小的技术——皮姆粒子。以这种粒子为基础，他制造了一种战衣，成了第一代蚁人。
此时的神盾局仍由佩吉·卡特和钢铁侠的父亲霍华德·斯塔克管理。在使用皮姆粒子的问题上，汉克和神盾局起了争议，于是他离开神盾局自建了皮姆科技公司。
如今皮姆科技由汉克的学生达伦·克洛斯掌管，充满野心的他根据蚁人战衣仿制出了另一种战衣——“黄衫”，意图将其作为军火贩卖。
与此同时，工程师斯科特·朗由于劫富济贫进了监狱，出狱后的他生活潦倒无比。
汉克看中了斯科特的品质与能力，于是招来并教导他成为二代“蚁人”。
在汉克的女儿霍普·皮姆的帮助下，蚁人终于挫败了达伦贩卖战衣的计划。
斯科特在学习使用战衣的途中还发生了一个小插曲，偷偷潜入复仇者新基地的他被猎鹰撞了个正着，这位新“英雄”也进入了复仇者的视野。
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