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在上期《人类进化与病毒同在》中，我们谈到了人类已经从树上下到地面。随着对于捕猎大型食草动物技术及工具的发明与应用，人类在旧大陆的狩猎活动所向披靡，并向新大陆进发。于是大型猎物开始逐步灭绝。大型猎物的灭绝开始于5万年前的非洲，继之以2万年前的亚欧大陆，然后在1.1万年前的美洲达到高潮，大型动物的先后消失可能导致各地人口的急剧减少。
为了生存，人类不得不尽自己所能去寻找食物。于是，一部分人类求之于大海；一部分人类发展出了制作食物的新方式，比如，某些族群认识到，长时间的浸泡可以除掉齐墩果和木薯中的有毒成分，从而可以食用；另一些蔬菜通过碾磨、蒸煮和发酵，会变得更可口或更容易消化。
但与发展种植业与畜牧业比起来，这些努力都不值一提。
01农牧业的兴起
地球上不同地区的社群都朝着这一方向前进，不过产生的结果，则随着各地最初的野生状况中可资利用的动植物的不同而存在差异。一般说来，新大陆相对缺乏可驯养的动物，但有用的植物却不少，旧大陆则为人类的创造力提供了大量可驯养的动物和大量令人印象深刻的可能的粮食作物。
在人类与可种植和驯养物种之间存在着相互适应的过程。一方面，由于人类有意或偶然地选择，造成了被种植和被驯养的动植物出现快速且有时影响深远的生物特性上的改变；另一方面，农业的发展对于人类也进行了选择：那些拒绝从事辛苦的农业劳作以及不能或不愿为来年的耕作备足种子而宁愿吃掉所有余粮的人，将很难活下来。
牧人、农夫以及各种各样的驯养和种植的动植物，依其气候、土壤和人类技能的不同，以不同的方式与动植物的野生背景相适应。
当人类开始从事农业活动时，把越来越多的食物储存起来仅供人类自己消费时，发生的重要改变是：人类的食物链缩短了。食物链的缩短将人类拖入了永无休止的劳作当中。
人类所面临的的新挑战转变为消灭那些与驯养和种植的动植物争夺生存空间的敌对物种。当人类学会了刈除自然界中最茂盛的植物而为他们喜好的作物拓展生态空间，从而更彻底地重塑自然环境时，人类的力量又达到了一个新的境界。
当然，受土壤及气候影响，人类农业发展的起步很艰难，但有两个最重要的例外。
第一，在中国北部，肥沃而易碎的黄土使人们无须借助畜力即可以小米维生；
第二，在美洲，玉蜀黎和马铃薯比旧大陆的小麦、大麦和小米一类作物含有更多的单位热量，所以，即使这里的土地不像中国的黄土那样容易耕种，仍能达到相似的结果。
人类借助它们在以激进的方式重塑自然的过程中发现并利用了其原有的种种可能性，成倍地提高了食物供应，尽管这也意味着人类从此将不得不持久地接受没完没了的劳作的奴役。
辛劳——日常性的、没有尽头的、与狩猎经历所造就的人类天性严重冲突的辛劳，仍然是所有农业人口的命运。只有如此，农夫们才能成功地改造自然的生态平衡，缩短食物链，提高人类消费能力，增加人口数量，直到这个在自然平衡中原本相对稀缺的物种，成为称霸于广大农耕地区的大型物种。
缩短食物链，增加驯养和种植的动植物的数量，也为寄生物造就了潜在的更集中的食物源。
当人类开始消除农作物中的杂草时，古老的自然生态环境被破坏，复杂的补偿性调节很快就出现了，在缺乏进一步外部干扰的情况下，程度不同的稳定而多样化的植被将重新出现，通常仿佛回到破坏前的样子。只要人类继续改变自然环境，并使之适合于农业，杂草就会阻挠重新建立自然的终极群聚期的生态系统，因此人类仍会随时遭受杂草泛滥的困扰。
微寄生掠食者在农夫成功改造的环境中找到了更多的生存机遇。实际上，一种或少数几种物种引起的超级大侵扰，可谓是生命之网中的自然平衡发生突然的和影响深远的改变的正常反应。
02农牧业生活与瘟疫
长期或永久性地定居在一个村庄里，就会卷入新的寄生物侵扰的风险。比如，当人类的粪便在居住地周围堆积时，人们与它接触的增多有助于肠道寄生物顺利地进行宿主间的转移。相反，一个不停流动的狩猎群，在任一地点的逗留时间都不长，自然不易受这种循环感染的威胁。因此，我们应当承认，生活在定居社会里的人们，比起他们处于同一气候区的狩猎先人或同时代的狩猎族群，更易受寄生物的感染。
然而，代表原始农业特色的小型村落社会，可能并没有过多地受累于寄生物的侵扰。一种情况比如近东的刀耕火种者，在一生中要屡迁其地；另一种情况，比如中国的小米种植者，以及美洲种植玉蜀黎、豆类和马铃薯的印第安人，尽管寄生物的数量因地而异，但在每个小村庄里大家在年幼时都会患上同类的寄生虫病，但这类感染不会造成非常严重的生物意义上的负担，因为它们未能阻止人口空前规模的增长。
仅在几百年内，凡是历史上成功地栽培（domesticated）了有价值农作物的重要地区，其人口密度比先前同一地区的狩猎者的人口密度，要高出10～20倍之多。
灌溉农业尤其是相对温暖气候条件下的灌溉农业，在某种程度上等于重构了有利于病原虫传播的环境，这种环境普遍存在于孕育人类远祖的热带雨林中。充足的水分（甚至比热带雨林还要充足）加快了寄生物在宿体间的转移频率，众多潜在的人类宿主在温暖、浅缓的水域中驻足，为其提供了理想的传播媒介。在这种环境中，寄生体并不需要胞虫囊一类能够长期抵御干旱的生命形式即可顺利传播。
5000年前在灌溉农业的特定环境下的寄生形式，与当今仍困扰着稻田农夫的寄生形式，几乎是一样的。其中最重要的一种，就是导致血吸虫病的血吸虫。
血吸虫的生活史，是软体动物和人类轮流担任宿主，它以微小的、自由游动的形体，通过水实现宿主间的转移。对慢性感染的人来说，它的最严重症状出现在儿童期，其后表现得持续而相对缓和。像疟疾一样，血吸虫的寄生生活史相当精致。它具有两种不同的自由游动形式，各自寻找它们的宿主：软体动物或人，以便一旦侵入宿主即可进行活跃的运动。
这种复杂的情形，连同它在人体内产生的慢性病症的特征表明，在现代血吸虫的行为模式形成之前曾经过长期的进化。像疟疾一样，其寄生的模式，可能源于非洲或亚洲的雨林；但这种疾病分布得异常广泛，以至于我们还不能有把握地指出它是在何时何地扩散到今天盛行的这些地区的。
古代埃及的灌溉者早在公元前1200年（可能更早）即受此感染。中国发现了一具保存完好的安葬于公元前2世纪的尸体（马王堆女尸），尽管死因是心脏病，但同时也携有血吸虫及其虫卵。今天，农民需要长时间地浸泡于水田作业的灌溉区，这种病仍能迅速传播。就此而言，似乎可以说古代的灌溉技术与血吸虫病很早就在整个旧大陆紧密联系起来了。
由血吸虫病和类似感染所造成的倦怠和慢性不适，会削弱农民的精力及体力，从一定程度上讲，更容易被征服与统治。显现灌溉农业社会特征的专制政府的存在，除了与经常用来解释这一现象的治水所需技术有关外，也包括这类令人虚弱的疾病的功劳——多亏它们侵扰了长期光脚在湿漉的田间劳作的农民。简言之，埃及的瘟疫与法老的专制统治之间可能存在着某种形式的关联，而这种关联，不仅古代希伯来人没有想过，现代历史学家也从未关注过。
虽然人类无法对引起瘟疫的微生物进行辨认，但是人类有时的确可以摸索出饮食和卫生规则以减少感染的机会。
最耳熟能详的例子，便是有的宗教禁食猪肉。这看起来令人费解，除非你意识到猪是近东村庄的腐食者、喜食人粪和其他“不洁”之物，它们的肉如不经彻底烹煮便当作美食，就很容易把许多寄生虫吞进肚里，现代的旋虫病（trichinosis）就证明了这一可能性。不过，禁食猪肉的古代习俗与其说是建立于某种试错法之上，毋宁说是建立于对猪的本能恐惧之上；至于由遵守禁忌带来的健康上的好处，尚无法从现有史料中看出端倪。
将麻风病人 驱逐于正常社会之外这一做法的背后也隐藏着类似的情绪。这是另外一条古老的犹太人戒律，想必它减少了通过皮肤接触而感染的机会。
沐浴——无论用水还是沙子，在伊斯兰教和印度教仪式中均有重要地位，这可能也有防止传染的功效。
在印度，很大程度上霍乱的传播曾是（现在仍然是）宗教朝圣的“职能”。
农业环境中有利于在人类中传播的，并不只是这些多细胞寄生物。当畜群、作物和人口大量繁殖时，原虫、细菌和病毒的感染的空间也相应得以拓展。
在西非，当农业扩展到雨林环境时，刀耕火种的农作方式显然对旧生态平衡施加了新的压力，一个意想不到的结果是，疟疾获得了全新的流行强度。事情可能是这样发生的：把森林夷为平地为喜食人血的冈比亚疟蚊（Anopheles gambiae）扩大了滋生的地盘。结果，人—蚊子—疟疾这一循环链获得了前所未有的强度，切实地影响到每个深入雨林空地的人。
虽然非洲的劳动者仍能出于农业目的而继续努力征服雨林，但同时也不可避免地会伴以基因上的调整，使得制造镰刀形红细胞的基因（异形合子形式）出现的概率明显增加，这些红细胞对疟原虫，显然不像普通的红细胞那样友好。于是，疟疾令人衰弱的症状在体内含有这类红细胞的人身上减弱了。
然而，得到这一保护的代价十分高昂。一个人若从父母那里同时继承了双方的镰刀形红细胞基因，那他（她）往往会在青年时早夭。不过，那些生来完全没有这种基因的人，更容易受到疟疾的致命感染，这也使得儿童死亡率进一步攀升。在西非疟疾最猖獗的地区，约有半数的新生儿携有镰刀形红细胞基因，他们在生理上是很脆弱的。
人类族群的这种变化，可以归因于人类农业发展对于热带雨林的破坏，这种破坏又反作用于人类本身。其后果是非常严重的。
在19～20世纪的中非和东非，欧洲殖民当局所推行的改变传统畜牧耕作方式这一错误的做法，也说明了农业向新的地域扩张所带来的令人意想不到的副作用。这一活动加剧了嗜睡病在乌干达部分地区、刚果坦干伊喀、罗得西亚和尼日利亚的流行；最终的结果是，随着殖民政权的结束，这片大陆更深地受到了采采蝇的感染，而在当局决定更有效地开发这一片看似优良的农业地区之前，情况并非如此。
显然，在非洲的热带雨林和临近的草原地区——这个地球自然生态中最严峻和最多样化的地区——人类为缩短食物链所做的尝试仍未能成功，并依然以持续感染疾患的方式付出高昂的代价。
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