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这主要有三个原因。
一是涉及到一个古代抄家和灭族的问题。
灭族并不是鸡犬不留，它有明文规定。一般的罪都够不上灭族，谋反重罪除外，看看《大明律》里对谋反灭族的解释：
反谋反及大逆但共谋者，不分首从，皆凌迟处死。祖父、父子、孙兄弟、及同居之人，不分异姓，及伯叔父兄弟之子，不限籍之同异，年十六以上，不论笃疾废疾，皆斩，其十五一下，及母女妻妾姊妹，若子之妻妾，给付功臣之家为奴。财产入官。若女许嫁已定，归其夫，子孙过房与人，及聘妻未成者，俱不追坐。
《大明律》是古代律法的一个顶峰，《大清律》只是在其之上的完善，内容并没有太大变化，再看看大清对灭族的解释。
《大清律》：
〈正犯之〉祖父、父、子孙、兄弟及同居之人，〈如本族无服亲属及外祖父、妻、父、女婿之类〉不分异姓及〈正犯之期亲〉伯叔父兄弟之子不限〈已未析居〉籍之同异，〈男〉年十六以上，不论笃疾废疾皆斩。其〈男〉十五以下及〈正犯之〉母女妻妾姊妹，若子之妻妾给付功臣之家为奴，〈正犯〉财产入官。若女〈兼姊妹〉许嫁已定归其夫，〈正犯〉子孙过房与人及〈正犯之〉聘妻未成者，俱不追坐〈上止坐正犯兄弟之子，不及其孙。余律文不载，并不得株连〉。
可以看到，《大清律》里对灭族的规定还没有《大明律》严格。
里面规定的连坐只限男丁，男丁的范围是主犯的祖上到祖父这一代，下到孙子这一代，十六岁以上的男丁，里面包括主犯兄弟的儿子辈，也就是侄子辈，但不包括兄弟的孙子辈。也就是说，吴三桂兄弟的孙子辈，都是不用死的。
所以，吴三桂家族，很可能会有旁支的后代没有被杀，得以繁衍。
第二，涉及到吴三桂之子吴应熊这一支。
吴应熊是吴三桂长子，清朝为了笼络吴三桂，特地把皇太极第十四女建宁公主许配给他，吴应熊也成为清朝的额驸留居京城。
吴三桂起兵反清后，吴应熊被捕，之后被杀。不过由于建宁公主的关系，吴应熊的儿子们除了吴世琳一起被处死，其他儿子并没有被杀，只是被入官，所以吴应熊的后代，也就是吴三桂的孙子们，也能够繁衍下来。
《清史稿》：吴应熊及其子吴世霖处绞，其余幼子俱免死入官。
第三，吴三桂还有个儿子吴应麒。
吴三桂死后，继承他帝位的并不是他儿子，而是他孙子吴世璠。三藩被平定后，再也找不到吴应麒的记录，民间对此有很多传言，大多是说他逃出生天，从此隐姓埋名。
既然不见吴应麒死亡的记录，那他就有可能活了下来，吴家这一支也就有可能繁衍下来。
至于李自成杀的吴三桂全家，根据记载只有三十八口，并且包括了男女总人数。吴家是辽东大家族，人口肯定远远不止这个数字，更多的吴家人，当时很可能并不在京城，没有落入李自成手里。
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