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现在的军医大学招生分为两种：有军籍学员、无军籍学员。有军籍学员招生人数相对较多，享受军校学员的所有待遇，上学期间义务兵供给制，毕业后由军队包分配。
无军籍学员招生人数相对较少，上学需要交学费，毕业也不分配，可以自由就业，也有可能签约为军队医院的文职人员。
第二军医大学（现：海军军医大学）
第二军医大学已经更改名称为海军军医大学，这所大学位于上海，为国家重点建设的一所211工程大学，从学科建设实力以及综合实力来看
第二军医大学的学科建设实力仅次于清北复交的医学院，这一所军医大学为提前批次录取，在招生上是十分严格，高考录取分数线较高，而且要求考生们也要通过体检，政审和面试环节。
第三军医大学（现：陆军军医大学）
原来的第三军医大学，如今已经变更名称为陆军军医大学，虽然军医大学非211也非985，同时也不是一所双一流建设大学，学科建设实力也稍微弱于第二和第四军医大学，但是这所军医大学办学历史悠久，作为国内最为老牌的一所军医大学之一，虽然没有985、211等名校光环的噱头，但是第三军医大学的实力还是不容小觑。
第四军医大学（现：空军军医大学）
第四军医大学如今已经更改名称为空军军医大学，这一所军医大学位于西安，也是经过高校合并而来，第四军医大学也是国内三所211军校之一，在国内的军医大学当中
第四军医大学应该是排名较前的一所大学，学科建设实力相当强悍，其临床医学专业在国内可谓是首屈一指，第四军医大学甚至被许多考生和家长认为是国内一所最好的军医大学。
这三所军医大学，他们之间最大的区别，是军种的区别。三所学校分别隶属于不同的军种，有军籍学员毕业分配时，主要面向自己所在军种部队分配。
军医大学毕业生，分配工作里，多数是到基层部队的医疗卫生单位，很难进入带编号的部队医院。
比如，301医院，也是解放军总医院，博士生都很难进入，普通本科生根本没机会了。其他有编号的部队医院也是一样。
对于医生来说，成长起来最需要的是临床经验。但是军医如果在基层部队，临床经验确实不高。主要军医面对的保障是身强体壮的解放军基层官兵，临床经验很难获取。
无军籍学员，主要看学校在当地是否有足够的影响力，空军军医大学在西安，医学专业水平应该是第一名的水准，个人感觉他的专业水平超过了西安交通大学。
海军军医大学在上海，虽然水平很高，但是上海本地的医学人才竞争激烈，上海交通大学、复旦大学等两所名牌大学的医学院，在上海占有绝对优势。但是海军军医大学毕业生就业也有自己的空间。
陆军军医大学在重庆，在当地与重庆医科大学差不多，在当地就业应该问题不大。
总结：无军籍学员，如果看专业水平，还是空军军医大学；如果看地域，当然是海军军医大学。
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