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在元末农民战争的过程中，蒙古贵族，色目大商人、上层僧侣和一部分汉族大地主或逃散，或被农民军压服，土地占有关系因此发生一定的变化。在全国各地，特别是北方出现大量荒田，土地集中的趋向有所缓和。劳动人民的身份地位也略有变化，明朝释放了大量元朝的驱口，并禁止庶民之家蓄养奴婢。“佃见田主，不论齿序，并如少事长之礼。若在亲属，不拘主佃，则以亲属礼行之。”又规定地主以佃户代役，必须出米一石，以资助其费用。同时，在明律中取消元朝的地主殴死佃客杖一百七、征烧理银五十两的法令。工匠的地位也有改善。
明朝的匠户同元朝一样，虽世代向官府服役，但已被分为轮班和住坐两种，他们除服役时间外，其余的时间可以自行趁作。明统治者为缓和阶级矛盾，巩固自己的统治，还积极推行发展农业的政策。洪武年间，朱元璋多次下令鼓励农民复业归耕，开垦荒地。或额定授予荒地，或听其尽力垦种；或免租税三年，或免杂泛差役，或免予起科，或永不起科，所垦地土俱听溪己业。在劳动人民的勤劳垦殖下，北方大量荒闲地土被开种出来。明朝政府又在各地，特别是在北京、淮西及沿边大兴屯田。屯田有民屯、军屯和商屯三种，民屯和军屯规模较大，商屯则较为罕见。
为了使屯田制度顺利推行，政府还将大量耕牛发给屯种的军士和农民，并命宝源局制造农具分配给屯田之家。屯田保证了军粮的供应，到宣德之时，沿边军士的用度多倚屯田所出，很少征用民谷。明朝政府也很注意棉花和桑、麻等的种植。建国前已有这方面的命令，洪武初年又颁布法令，规定凡农民有地五亩至十亩者，要栽桑、麻、木棉各半亩，否则要向政府缴纳绢、麻布或棉布各一匹，有地十亩以上的加倍。这一措施，使缴纳丝、绵、棉布的征调成为田赋中仅次于米粮的茨木，为纺织手工业提供了更多的原料，有利于丝织业和棉织业的发展。
政府还大力组织农民兴修水利，朱元璋下令各州县的官吏，凡有关修水利的事都要立时呈报，并由朝廷派员监修。据洪武二十八年统计，前后不到两年，在全国范围内共开塘堰四万余，浚河四千余处，修建陂、堤、岸共五千多处。洪武年间，陕西的洪渠堰、四川的都江堰和广西的灵渠都先后修复。永乐元年，十几万从浙江等地征集来的军夫和民夫在户部尚书夏原吉的率领下，两年内完成了疏导吴淞江的水利工程，苏、松水患得到排解，农田因此得利。元末明初，会通河经常淤塞，漕运难以通达，运粮只靠海运。永乐九年，三十万山东及南直隶的民工，在工部尚书宋礼率领下，沟通了会通河。此举加强了南北方之间的物资交流，并为迁都北京创造了条件。
洪武时，时政府在南京和其他省所属州县设立“预备仓”，规定府、州、县各置东西南北四仓，储粮备荒，多者万余石，少者五千石，遇有水旱，则用以贷给贫民。永乐、宣德间又令各州县官吏随时注意修补。宣德七年，周忱和况钟在苏州各县设济农仓，共积粮二十九万石修，修水利和赈贷农民之费都由此出，农民暂免于豪富之家的高利贷剥削，农业生产得以发展。此外，周忱和况钟还创立平米法，无论官民田，一概摊平加耗，粮轻者耗多，粮重者耗少，每税米一石，加耗约六七斗，宣德十年浙江加耗为七斗。这减轻了农民的负担，逃赋现象日少，济农仓也得以长期维持明初还推行了一些有利于工商业的措施。
洪武、永乐时，商税一般为三十税一，农具以及军民嫁娶丧葬之物，舟车丝布之类都予免税。洪武十三年，朱元璋下令裁撤税课司局，改由各府州县直接征税。明朝政府又放弃矿业专营，特别是铁矿的专营，许可人民开采，三十税二。
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