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妈祖是民间百姓对其所崇拜的神祇比较普遍的一种称呼。关于妈祖的名字，不同的地方有不同的叫法。莆田有传说说妈祖因出生弥月不哭不啼而得名“默娘”，在我国北方人们多称其为“娘娘”，而南方则多称其为“娘妈”。随着妈祖信仰的不断传播，受到朝廷的不断重视和褒封，妈祖的称号逐渐“升级”，从“夫人”“天妃”“天后”直到“天上圣母”。妈祖身世扑朔迷离，历史上流传下来的文献资料均无法考证，学界多数人认为她是九牧林的后裔，具体的世系宗谱在林氏族谱和历史史书中有一些相关记载。历史上莆田文人记妈祖我国历史资料记载中，未见对妈祖身世的明确记载。
在历史上，黄公度、廖鹏飞、丁伯桂、刘克庄、洪希文、周瑛等诸多莆邑文化名人有关妈祖的文字作品中，也均无对妈祖身世的详细记载。
黄公度为第一个以妈祖为描写对象写诗的莆田人：“
枯木肇灵沧海东，
参差宫殿崒晴空。
平生不厌混巫媪，
已死犹能效国功。
万户牲醪无水旱，
四时歌舞走儿童。
传闻利泽至今在，
千里危樯一信风。”
黄公度此诗作于南宋绍兴二十一年冬日，是作者赴岭南上任前夕，应白塘李富的邀请，在参观其重建的圣墩祖庙时有感而发之作。黄公度在诗中提到了民间传说中“枯木肇灵沧海东”的故事（传说圣墩乡民梦见水上漂来一巨型“枯木”，有神灵托梦说此乃灵木，“宜馆之”，因而把此木雕成神像，并在圣墩建庙奉祀）。在诗中黄公度提到了当时宫殿建设规模和妈祖身世及其影响，根据“平生不厌混巫媪”一句，有人断定妈祖生前为“巫”。这就与后来学界的观点及习惯称妈祖为聪明的渔家女和为“都巡检”的官家女的说法有出入。这种对妈祖形象描述极为模糊的状况持续了很长一段时间。然而在廖鹏飞应李富之邀请撰写的《圣墩祖庙重建顺济庙记》中，有了有关妈祖的一些较为具体的描写。这碑记成为目前学界所知道的第一篇较为系统地记述妈祖生平、灵验事迹的文献史料，其中对妈祖的描写：“……世传通天神女也，姓林氏，湄洲屿人。初，以巫祝为事，能预知祸福。既殁，众为主庙于本屿……”只简单提及了妈祖的一些情况，对妈祖的身世也未明确书写。
到宋朝嘉泰二年，进士丁伯桂《顺济圣妃庙记》中有“神莆阳湄洲林氏女，少能知人祸福，殁庙祀之，号通贤神女，或曰龙女，莆宁海有堆，元祐丙寅年，夜观光气，环堆之人，一夕同梦曰：我湄洲神女也，宜馆我，于是有祠圣堆……”的描述。丁伯桂的描写内容与廖鹏飞碑记中所写内容基本一致。
后刘克庄作《枫亭新建妃庙》，其中有：“……非但莆田人敬事，余北游边，南使粤，见承楚，番禺之人，祀妃尤谨。而都人亦然，海潮啮堤，声憾行阙，官投璧马不验，冲决至艮山祠，若为万弩射回者，天子警异，赐妃嘉号，特书一书，今为‘灵惠嘉应协正善庆妃’，又封妃父某侯，母曰某夫人……”的描写。这篇作于南宋宝祐四年年间的文章，对妈祖灵验事迹作出了一些具体描写。文章中，还对妈祖被褒封为“灵惠嘉应协正善庆妃”，父母都受褒封作了详细的记述，但未有具体的身世描写。
直到元朝黄仲元在《圣墩顺济祖庙新建蕃釐殿记》记：“……按旧记，妃族林氏，湄洲故家有祠，赫赫公家，有齐季女……”才提及妈祖是湄洲人，湄洲故家有祀祠之类。最为重要的是，对黄公度所持妈祖为巫的观点作了彻底否定。这篇文章作于元大德七年，在《白塘李氏族谱》中也有这些内容。至此，黄仲元作为元代的莆田文人，对妈祖身世提出了不同的观点。
明朝时，莆邑学人黄仲昭修纂的《八闽通志》中，收录了倪中有关改变“妈祖身世”观点的文章，如《天妃庙记》“神姓林，世居湄洲屿，都巡检孚第六女……”第一次把妈祖冠以“都巡检第六女”的身份。明代周瑛在《弘治兴化府志》中记述：“……予幼读郡志，得绍熙初本亦称妃为里中巫，及再见延祐本称神女，今续志皆称都巡检愿女，渐失真矣。”这个时期，妈祖的身世“都巡检愿”第六女的身份已初步确定。
莆邑文人对妈祖身世的表述基本就是这些，宋时不明确，元时认为其为官家子女，明清时期对其身世的认识逐步丰满和明朗化并达成一致，即妈祖为莆田九牧林后裔。
历史上关于妈祖身世的记载，不同时期说法不一，到明末清初湄洲妈祖祖庙住持僧照乘编撰《天妃显圣录》和清代中叶林清标编撰《敕封天后志》才有一致说法。《天妃显圣录》《敕封天后志》两书是学界公认的有关妈祖的经典著作。
《天妃显圣录》记述：“天妃，莆林氏女也。始祖唐林披公，生子九，俱贤。当宪宗时，九人各授州刺史，号九牧。林氏曾祖保吉公，乃邵州刺史蕴公六世孙州牧圉公子也，五代周显德中为统军兵马使。时刘崇自立为北汉，周世宗命都点检赵匡胤战于高平山，保吉与有功焉。弃官而归，隐于莆之湄洲屿。子孚承袭世勋，为福建总管。孚子惟悫讳愿，为都巡官，即妃父也。娶王氏，生男一，名洪毅，女六，妃其第六乳也。二人阴行善，乐施济，敬祀观音大士。父年四旬余，每念一子单弱，朝夕焚香祝天，愿得哲胤为宗支庆。岁己未夏六月望日，斋戒庆赞大士，当空祷拜曰：‘某夫妇兢兢自持，修德好施，非敢有妄求，惟冀上天鉴兹至诚，早赐佳儿，以光宗祧！’是夜王氏梦大士告之曰：‘尔家世敦善行，上帝式佑’。乃出丸药示之云：‘服此当得慈济之贶。’既寤，歆歆然如有所感，遂娠。二人私喜曰：‘天必赐我贤嗣矣！’越次年，宋太祖建隆元年庚申，三月二十三日方夕，见一道红光从西北射室中，晶辉夺目，异香氤氲不散。俄而王氏腹震，即诞妃于寝室。里邻咸以为异。
父母大失所望，然因其生奇，甚爱之。自始生至弥月，不闻啼声，因命名曰‘默’。幼而聪颖，不类诸女。甫八岁，从塾师训读，悉解文义。十岁余，喜净几焚香，诵经礼佛，旦暮未尝少懈。婉变季女，俨然窈窕仪型。十三岁时，有老道士玄通者往来其家，妃乐舍之。道士曰：‘若具佛性，应得度人正果。’乃授妃玄微秘法。妃受之，悉悟诸要典。十六岁，窥井得符，遂灵通变化，驱邪救世，屡显神异。常驾云飞渡大海，众号曰‘通贤灵女’。越十三载，道成，白日飞升；时宋雍熙四年丁亥秋九月重九日也。”
《敕封天后志》中《天后本支世系考》记录：“唐天子詹事讳披，生九子，皆官刺史，世称九牧。第六子唐邵州刺史，谥忠烈，讳蕴，生子讳愿。愿生四子。第三子圉，仕闽王审知为州牧，即后之高祖也。子保吉……保吉生子孚，为福建总管。孚生惟悫，为都巡官。惟悫生洪毅及六女。后，其第六女也。……所修家乘，昭穆亦复秩然。世有以后尊荣，奄为己房所出，将其先代而改易之。按后之高曾祖父兄皆出仕，其父兄又经敕封，奚堪泯没？当年端州刺史公房提学讳麟焻所作序文，已昭然可考，毋烦置辨。又有云：后父名愿，不应犯六世祖讳；细思五代递及宋初，纷纷多事，且托处海滨，想亦末计及此。今阅其祖祠神主及其族谱，皆称惟悫，则相传名愿非。”《天妃显圣录》《敕封天后志》两书，对妈祖身世作了明确的记载，并从唐代林披开始到妈祖父亲林愿的林氏宗谱作了详细记载，表达十分清楚。
《林氏族谱》中对妈祖身世的记载，基本上就是说妈祖为九牧林后裔。《湄洲妈祖志》也是这样表述：“林披（733—802），字茂彦，唐天宝十一年（752年）明经擢第。官终朝散大夫、检校太子詹事、苏州别驾，赠睦州刺史，赐紫金鱼袋、上柱国。生九子名曰：苇、藻、著、荐、晔、蕴、蒙、迈、蔇，俱官至刺史（州牧），故世称‘九牧林’，今莆田西天尾镇龙山村九牧祖祠尚存。”“九牧”第六房始祖林蕴（770—810），字复梦，唐贞元四年明经及第，官终邵州刺史，著有《林邵州集》。迨至乾隆四十三年，“九牧林”后裔林清标把《天妃显圣录》改编为《敕封天后志》，其卷后附载《天后本支世系考》一文，对《天妃诞降本传》的世系记载作了修改：“唐太子詹事披。生九子，皆官刺史，世称‘九牧’。第六子唐邵州刺史，谥忠烈，讳蕴，生子愿。愿生四子，第三子圉，仕闽王审知为州牧，即后之高祖也。子保吉，弃官归隐……保吉生子孚，为福建总管。孚生惟悫（一云名愿），为都巡官，惟悫生洪毅及六女，后其第六女也。”
《湄洲妈祖志》综合各种版本的内容，形成了一个比较完整科学的体系，把各种版本体系记述，简化为谱系就是：
披（一世）
——蕴（二世）
——？（三世）
——？（四世）
——？（五世）
——？（六世）
——圉（七世）
——保吉（八世）
——孚（九世）
——惟悫（十世）
——洪毅（十一世）。
也就是说，妈祖是唐“九牧林”始祖林披的第十一代孙女。《林氏族谱》多个版本对妈祖身世表述大同小异，虽然因不同年代编修的原因而小有改动，但万变不离其宗，都是把妈祖列入林家后裔，还把妈祖称为“祖姑”，并一代一代传下去。
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