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在讲解《史记》的一些篇目时，我一直不断强调，司马迁运用的观念和笔法有哪些优点值得我们一而再、再而三地反复推究，然后从中挖掘出众多知识和观念的宝藏。那么，《史记》就没有缺点吗？当然有。
从现代史学的角度来看，《史记》最大的问题，首先是关系到三皇五帝的上古史。随着考古学的发展，以及对许多史料的重新解读、配合考古和文献出现的新的历史研究方法论，我们反而可以比司马迁更贴近那段离我们有三四千年以上的古史。
用现代的方法来检验《史记》中三皇五帝的历史就会明白：第一，在那部分内容里，司马迁的话大多数是不可信的；第二，司马迁之所以在古史上累积了这么多的传说（在今天看起来很多是站不住脚的），主要因为他是汉朝人——即使是这样一部伟大的历史作品，还是会受到时代的限制。
司马迁所受的最大限制，是汉代在知识传统上的继承——远一点继承了春秋战国的诸子学，近一点又承受了秦始皇焚书所带来的巨大伤害。所以，司马迁看待古史不可能很准确，没有办法让我们完全信任。
司马迁对古史的认知，很大一部分来自战国时期的种种传说。但是，战国时期是一个热闹得近乎荒唐的“大造史时代”。当时，在周文化的基本价值中，已经明确建立了“越古老的越好”这种基本价值观念，人们相信历史，而且认为人类最美好的、充满理想和真理的黄金年代是在过去。
对于历史的重视、对过去时代的崇拜在那个时候已经建立起来了。周文化对历史如此看重，后来当然就彻底地影响了中国人如何看待世界。例如说，战国诸子彼此的论辩，如果只是陈述自己的观点，要想压过别人，难度极高。
大家更习惯争取听众和信徒的方式是：宣称这些话是很古远的圣人就说过的，这个圣人拥有了不起的身份和地位，而且依照其时代而有了高下之分。以至到后来，每个人要说话的时候，都要先搬出一个圣人来，而且一般来说，如果要压倒论敌，最好就是让这个圣人比论敌所依据的圣人时代更古。
于是，这样就产生了20世纪初期顾颉刚在“古史辨”运动中提出的一个非常精彩的概念：古史层累构成说。“层累”，意味着古史是用相反的顺序堆叠上去的，在历史的陈述上，越是号称古老的传说，它的起源往往越晚。当然，我们不能把“古史层累构成说”里所有的细节都用这样纯粹的规矩——“越早的越晚，越晚的越早”——来看，但是这个思路对于我们了解战国时期有极大的帮助。
司马迁继承了战国时期所创造出来的种种古史传说，所以他很难辨别这些传说哪些是真的，哪些是假的。从这里，我们可以更进一步地了解，这种风气到了战国后期已经近乎疯狂，也就引发了秦始皇在概念上绝对的大反动，他不再听信任何人告诉他，历史上曾经如何如何，所以应该模仿历史、遵照历史。秦始皇认为历史与己无关，甚至为了不让别人用历史干扰他，而有了焚书这种激烈的举动。从战国到秦，这种激烈动荡的思想潮流变化，我们已经可以看得非常清楚。
到了汉代，因为这种时代变化所带来的限制，司马迁只能够拣选战国时期的种种故事和传说。然而，不管他如何仔细、用心地进行拼贴和排比，由于来源本身就是有问题的，甚至是虚假的，所以《史记》里对于古史（尤其是商之前）的绝大部分说法，今天的我们不可能再全部信赖。不过，司马迁仍然值得佩服。他写《史记》时距离商代已经有一千多年，但是他必然掌握了特别的史料和来源。
今天我们比对那些百分之百可以信任的甲骨文资料，《史记》世系表中从商代先公先王一路下来的商王名号和世系，绝大部分都是正确的。换句话说，司马迁已经基本掌握了商代及以后的统治。当然，在今天更丰富的考古和知识衬托下，《史记》中商代或西周的说法还有很多需要纠正或补充的。
从这里延展开来就可以看到《史记》另一个严重的大问题：《史记》里整理的春秋战国的学术思想史，跟今天的理解也有相当大的距离。在这个问题上，司马迁所受的局限主要来自两方面。一方面是秦始皇焚书，尤其是焚毁古代的王官学及春秋战国时期诸子学留下来的文献。
这些文献在短时间内被用如此激烈的手段一扫而空，民间基本上无法存留。所以，虽然秦作为帝国延续的时间很短，但在这件事情上造成的破坏和影响却非常深远；另一方面，一直到文帝、景帝时期，汉人才慢慢在知识的学习与累积上恢复了一点点元气。换句话说，不只是秦代，春秋战国的学术思想文献和书籍在汉初几十年的时间里也是无法流通的。
在这样的状况下，到司马迁要写《史记》的时候，汉人对春秋战国的学术思想已经有一些隔阂和陌生。而且，汉代这时已经建立了自己的官方意识形态，严重地影响了司马迁如何看待诸子百家，例如老子或孔子的生平问题。
文景二帝时，汉代先是建立了道家黄老无为的政治领导原则，到了汉武帝，也就是司马迁所在的这一朝，原来重视的黄老之学又被儒家思想取代。所有的官方意识形态必然产生思想传统的扭曲，从历史的角度来看，这几乎是一个颠扑不破的规律。一种思想一旦被确立为官方意识形态，在政治权力的扶持和宣扬下，只会强调它的绝对真理性，其内在的复杂性自然都会被抹杀。
然而，没有任何思想是真正绝对正确的真理。一旦用政治权力将其建立成不能讨论、不能挑战的真理，它也就失去了原来复杂而精彩的面貌。从这个角度来看，司马迁在面对春秋战国的学术思想史时，经常落入汉代“先道后儒”的官方意识形态所产生的某种扭曲当中。
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