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1971年秋天。大兴安岭深处，雷达峰，探索外星文明的红岸基地。
天体物理学家叶文洁为了验证太阳可以作为超级天线上亿倍放大电波的猜想，偷偷的向太阳发射出了地球的信息。本以为发射没有成功，没想到8年后收到了外星人的电波，通过信息自带的解译系统，叶文洁看到了信息的内容：不要回答！不要回答！不要回答！如果回答，你们的世界将被入侵！
能这么快回复的只有人马座三星的文明，也就是三体人。叶文洁想起自己的一生，物理学家的父亲在文革中被红卫兵用皮带抽死，母亲为了跟父亲划清界限亲自批斗父亲，妹妹也在派别争斗中被打死，自己被信任的青年记者坑害……叶文洁对人类绝望了，人类靠自身的力量无法解决自身的问题。她没有犹豫，马上偷偷的发射了信息：到这里来吧，我将帮助你们获得这个世界。为了自保，叶文洁锯断绳索，结果使丈夫杨卫宁和发现自己发射信号的基地政委雷志成一起掉下了山崖。
后来，红岸基地被解散。叶文洁回大学教书，负责大型射电天文观测基地的设计，认识了富二代伊文斯。伊文斯是一个物种共产主义者，对人类很失望，通过自己强大的经济力量在“审判日”号巨轮上建立了第二红岸基地，并与三体人取得了联系，成立了地球三体组织，口号是：消灭人类暴政，世界属于三体！他们研发了三体游戏，通过游戏传播三体世界的知识，吸纳了很多对人类文明失望的人。随着三体叛军的壮大，分为了三派：降临派，纲领是消灭所有人类；拯救派，希望帮三体人解决三颗太阳无序运动的难题同时解救人类；幸存派，希望能在与三体人的战争中为三体人服务，从而生存下来。三体人只不过向地球发送了一些信息，人类已经从内部自己乱了。
三体世界有三颗太阳，处于混沌运动状态，环境极其恶劣，三体人居住的行星很快将被太阳吞噬，他们急于找到另一个星球建立新的家园。接收到叶文洁的回复后，三体人很快制定了对地球的进攻计划。“染色”计划，让人类对科学的发展感到害怕；“神迹”计划，让人类对三体人产生崇拜，破坏地球人的科学思维。三体人舰队的速度已经达到光速的十分之一，但受能量限制，到达地球需要400多年。为防止地球的科技在这四百年里超过三体人的水平，他们把质子二维展开制造了超级计算机“智子”发射到地球，并通过多个“智子”量子感应的特性实现了地球与三体世界的同步通讯。
智子以接近光速的速度只用四年就到达了地球，然后锁死了地球科技。任何三体人认为有威胁的技术，都在锁死的范围内。比如高能加速器的科学实验，对微粒子内部结构的研究等，智子都进行干扰，让无数科学家陷入崩溃而自杀，叶文洁的女儿杨冬也因此吃安眠药自杀。智子通过高能态在人的视网膜或者胶片上产生幽灵倒计时，通过二维展开包裹地球改变宇宙背景辐射透明度等方式，让研究纳米材料的物理学家汪淼接近崩溃。
地球三体组织的发展壮大，终于引起了全世界政府的重视。他们先从“科学边界”这个组织入手，让汪淼打入了三体组织内部，抓获了三体组织的精神统帅拯救派叶文洁。而地球叛军的实际控制人是降临派伊文斯，他控制的第二红岸掌握着三体人发送的大量信息。为了得到这些信息并防止信息被伊文斯销毁，警官史强、纳米材料专家汪淼一起设计了“古筝行动”，利用超细的纳米丝“飞刃”，将正通过巴拿马运河的“审判日”号和伊文斯切成了无数半米厚的薄片，得到了信息。这些将成为迎战三体人的关键。
三体人得知全球作战中心获取了信息之后，留下了五个字“你们是虫子”，就再也没有发送任何信息了。
科学家们对人类的前景都很绝望，史强却带他们去看了华北平原上的蝗灾：这些虫子，在人类火烧、水淹、毒杀甚至基因改造下，依然没有被灭绝。三体人眼中的虫子——人类，会不会像这些虫子一样，永不灭绝？
（三体第二部《黑暗森林》，将讲述地球人与三体人的星际战争）
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