很多年前，小白的父母意外去世，他的伯伯是一个市长，随后接过了小白的抚养权，并公开收小白为义子。他派了一条训练有素的狗作为护卫。狗的名字叫斑点，看似是关爱，实则是一个阴谋。是在并不在乎这个养子，深圳怕他惹出麻烦所以就幽禁着他，让他只有斑点一个伙伴，一人一狗就此生出浓厚的情谊。很长一段时间后，市长终于展现了他的野心。为了在下一次的竞选中得到爱猫党的支持，在秘密协议之后，他暗中散播犬流感的病毒。
本来这个城市狗就已经过度密集，于是很快犬流感就席卷全市。在不断的洗脑讲话之后，大部分市民终于同意，把所有的狗流放到垃圾岛上。为了以身作则，市长把家中养的唯一一条狗，样子小白最忠实的护卫斑点作为第一只被流放的狗，送去了垃圾岛上。市长的家族和家族的伙伴们，因为都有一个共同点“讨厌狗”。于是紧密合作了150年之久，被称为小林王朝。上至实权军官，下到黑帮大佬，他们的势力错综复杂，而且影响力深远，一些反对的声音很快就被镇压。其中下一届市长候选人，因为公开表示反对这个提案，并且在研发治疗犬流感的药剂，因此遭到了暗杀。
市长候选都遭到了暗杀，一些民众的反对声音就更加微乎其微了。所有的狗似乎就要在垃圾岛度过余生。小白他没有想太多，偷了一架小型飞机，就来到了流放狗的垃圾岛上。他想找到自己的斑点，刚来到这里的他，被五条狗救了下来，其中四条是宠物犬，对小白的话言听计从，并且对寻找宠物的主人有着别样的好感，只有一条名叫首领的流浪狗，对小白很冷漠，只是身为小团体的一员，不得已被拖着一起踏上寻找斑点的旅程。在经历了一系列的冒险后，首领慢慢被小白驯化了。
他们找到了斑点的下落，最终来到了岛屿的尽头。因为媒体报道才知道小白出走的市长，派出手下打算将小白抓回去。眼看一人五狗就要被抓住，斑点带着一群狗将他们救了下来，然后跳下了水闸通道。斑点带的这些狗，并非是后来被流放到岛上的宠物狗，而是原来就住在垃圾岛上的土著狗。当初的垃圾岛还没有被废置，小林王朝在岛上做着秘密实验。而这些狗就是当年被残忍实验的对象。后来因为天灾的缘故，人们不得不离开这座岛，而幸存的狗则艰苦的活了下来。斑点作为第一只被流放到这里的狗，如果不是被他们救下，可能已经死了。作为报答，训练有素的斑点成为了他们的领导者，并且还找到了自己的爱情，组建了自己的家庭。最巧合的是，斑点竟然还是首领的亲哥哥。
因为家庭的缘故，斑点无法再继续护卫犬的工作。小白千辛万苦来到这里，得到的却只能是一句告别，最后斑点哭着将护卫犬的责任交给了一路保护小白来到这里的首领。小林王朝的众人并不满足于驱逐狗，还打算将岛上的狗全部灭杀，以绝后患。对外则宣称不懂事的养子擅自去岛上找狗，已经不幸遇难。一个外国交流生，在不懈努力下终于调查出结果，并成功得到仅存的一瓶血清。可是一个外国学生，几个爱狗人士，在市长面前根本翻不出多大的风浪，所有人都当他们是个笑话。绝大部分的市民都已经同意了市长的提案。而就在这时，小白带着那些被迫害的狗们，坐着用剩余物资建造的小船回到了这里。市长的养子强势回归，打了小林王朝一个措手不及。随着血清当众治愈了生病的狗。面对这一切，市长需要给出一个合理的解释。而小白在感谢了市长义父多年来的养育后，就和他断绝了父子关系。市长面对小白的控诉，终于良心发现，亲手撤销了提案。
可是小林王朝从来不是市长一个人的，作为王朝中的隐藏大佬，管家最后还是按下了毁灭计划的按钮。可是指令送去后，大规模的杀伤并没有发上，来自民间的爱狗黑客篡改了他们的程序，彻底终结了他们的计划。爱猫党的小林王朝也至此被终结，全部被打入牢狱。随后小白因为法案，继承了义父的市长位置，并组建了自己一伙以爱狗为基础紧密联系在一起的班底，取代了小林王朝曾经的地位。最后的混战中，斑点失去了一只眼睛，但万幸他还是活了下来，并和一家人在神社中被好生供奉。而首领则作为新的护卫犬，永远的跟随在了小白的身边。《犬之岛》是一部优秀的动画电影，不光是音乐盒摄影上出类拔萃，更关键的是，他就像《超人总动员》一样，看似是一个套路动画，但其实不同年龄不同阅历的人，每个人都能从中挖掘到自己的乐趣。喜欢动物的人看到的是一部关于宠物的温情冒险动画，而对于喜爱解读电影的朋友，也是一盘足够回味很久的大餐。
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